En pathologie humaine, il a d'abord été reconnu responsable d'une pneumopathie grave, spontanément mortelle, chez les nouveau-nés et les nourrissons, et qui est devenue exceptionnelle. En revanche, la pneumocystose se manifeste avec une grande fréquence sur les organismes immunodéprimés. L'infection se traduit par des troubles respiratoires (toux quinteuse, dyspnée, cyanose) avec fièvre, amaigrissement, altération de l'état général. La radiographie montre des signes de pneumopathie interstitielle diffuse. Le parasite prolifère très rapidement dans les alvéoles pulmonaires et l'affection évolue vers l'insuffisance respiratoire sévère. La fibroscopie bronchique permet de mettre en évidence le protozoaire sous ses différentes formes, la plus fréquente étant celle des kystes.

Toxoplasma gondii est un protozoaire ubiquitaire très répandu dont l'hôte définitif est le chat. La toxoplasmose commune chez l'enfant et l'adulte normal est une infection bénigne, souvent inapparente. Elle n'est à redouter que chez la femme enceinte en raison des risques d'embryopathie et de fœtopathie et des lourdes séquelles que peut présenter le nouveau-né même plusieurs semaines après sa naissance (en particulier, toxoplasmose oculaire).

Dans le Sida, Toxoplasma gondii provoque des atteintes méningo-encéphalitiques sévères se manifestant souvent par une encéphalite nécrosante ou prenant une forme pseudo-tumorale. La toxoplasmose est l'infection la plus fréquente du système nerveux central dans le Sida.

La cryptosporidiose est due à un protozoaire, le Cryptosporidium enteritis, qui parasite de nombreuses espèces animales ; l'homme se contamine à partir des animaux domestiques. Chez les sujets normaux, en particulier les enfants, il peut être à l'origine d'une diarrhée aiguë mais passagère guérissant spontanément en quelques jours. Chez les immunodéprimés, il provoque une entérocolite grave avec une diarrhée chronique, aqueuse, profuse, permanente, résistant aux traitements et entraînant une dénutrition. La cryptosporidiose est une des causes de mort observées dans le Sida.

L'isosporose réalise un syndrome diarrhéique analogue à celui de la cryptosporidiose provoqué par des protozoaires retrouvés plus rarement dans le Sida : Isospora belli et Isospora hominis.

La giardiase (ou lambliase), parasitose digestive cosmopolite due à Giardia intestinalis, et relativement fréquente, prend une forme grave chez les immunodéprimés et se traduit par une diarrhée chronique et une malabsorption intestinale.

L'action des helminthes

L'helminthiase due à Strongyloïdes stercoralis, est l'anguillulose, affection tropicale habituellement bénigne, à symptomatologie pulmonaire, digestive ou cutanée. Chez les sujets atteints du Sida, elle est de la plus haute gravité car il y a une dissémination des larves du ver à tous les organes.

Les champignons

Les infections provoquées par les champignons sont le plus souvent les candidoses dues à des levures très largement retrouvées dans l'environnement de l'espèce Candida albicans. L'infection est localisée habituellement au tube digestif (muguet dans la bouche et surtout œsophagite caractéristique du Sida avec son enduit blanchâtre), mais elle peut s'étendre à l'appareil broncho-pulmonaire, au cœur, à l'appareil urinaire, et réaliser une septicémie. L'atteinte oculaire (endophtalmie) est fréquente dans ces formes extensives.

La cryptococcose est due à l'infection par une autre levure, Cryptococcus neoformans, dont la transmission est aérienne, digestive (lait de vache) ou cutanée (blessure). Elle atteint les sujets immunodéprimés. La forme pulmonaire est relativement bénigne, mais l'atteinte neuroméningée, qui réalise une méningo-encéphalite, et les septicémies sont redoutables. Les champignons du genre histoplasma provoquent des atteintes pulmonaires (Histoplasma capsulatum) qui peuvent être extensives (localisations cardiaques ou cérébro-méningées) ou des lésions cutanées (Histoplasma duboisii) plus rares.

L'aspergillose due au champignon Aspergillus fumigatus est une affection qui atteint surtout les oiseaux. En pathologie humaine, elle ne se voit guère que chez les gaveurs de pigeons qui se remplissent la bouche de graines parasitées par le champignon ; elle se localise surtout sur l'appareil respiratoire, parfois sur les organes des sens. Chez les immunodéprimés elle peut prendre une forme généralisée gravissime.

Les virus

Parmi les virus qui infectent les malades atteints du Sida, le principal est le cytomegalovirus, très répandu chez les homosexuels. Chez l'adulte sain, l'infection est le plus souvent bénigne ; elle peut être grave chez le nouveau-né (maladie des inclusions cytomégaliques).