Les élus de Mayotte, dont plus de 60 % des compatriotes se sont prononcés pour le maintien de l'île dans l'ensemble français, le 22 décembre 1974 (Journal de l'année 1974-75), dénoncent la « décision illégale » des dirigeants de Moroni, avec qui Paris se déclare disposé à engager des discussions. Le nouvel État adhère à l'Organisation de l'unité africaine et à la Ligue arabe.

Devant l'attitude du gouvernement français, décidé à tenir compte de la volonté exprimée par la population mahoraise, Ahmed Abdallah, qui a été élu chef de l'État, exige le départ de toutes les forces de l'ordre françaises (200 gendarmes et 150 légionnaires).

La loi française continue de s'appliquer à Mayotte : Roland Veyrand est nommé représentant de la France, et le conseil régional désigne un nouveau préfet, Younoussa Bamana, un des chefs du Mouvement mahorais, champion du maintien de l'île au sein de la République française. En juillet 1975, les troupes françaises sont évacuées sur Djibouti, 200 légionnaires sont cantonnés à Mayotte et les fonctionnaires du gouvernement de Moroni sont chassés des bâtiments officiels.

Coup d'État

Ahmed Abdallah constitue le 24 juillet un nouveau gouvernement. Mais, dès le 3 août, il est chassé du pouvoir, à la suite d'un coup d'État perpétré par Ali Soilih, porte-parole de l'opposition, qui devient délégué à la Défense et à la Justice du Conseil exécutif ; le 2 janvier 1976, il est élu chef de l'État. Ahmed Abdallah se trouvant à Anjouan au moment du putsch tente vainement de décider l'OUA à intervenir en sa faveur et accuse ouvertement la France d'être à l'origine de son éviction.

Des affrontements ont lieu, en septembre 1975, dans l'île de la Grande Comore, entre partisans et adversaires de l'ancien président Abdallah et font plusieurs morts. Ali Soilih en rend responsable Mohammed Taki, ancien ministre de la Justice. Le 21 septembre, un détachement armé venu de Moroni doit réduire par la force la sécession de l'île d'Anjouan qui aura duré plus de six semaines. Ce débarquement entraîne le ralliement de l'ancien président Abdallah au nouveau régime et permet l'ouverture de négociations entre Moroni et Paris.

Admises aux Nations unies (la France s'étant abstenue dans le vote), les Comores subissent, de facto, une amputation territoriale. Paris laissant à Mayotte le choix entre l'intégration au nouvel État, le statut de territoire d'outre-mer ou celui de département d'outre-mer, la population mahoraise prépare le référendum qui doit permettre de fixer son nouveau statut. Un coup de main lancé contre Mayotte par des éléments venus de Moroni échoue ; le gouvernement comorien décrète sans succès la mobilisation générale pour libérer l'île rebelle. Dépitées, les autorités de Moroni s'approprient les biens de l'administration française et se livrent à de sévères critiques contre la France, critiques d'autant plus acerbes que les responsables doivent faire face à de graves difficultés d'approvisionnement qui compromettent le ravitaillement de l'archipel.

Référendum

Moroni affirme, en décembre, que des manifestations antifrançaises ont eu lieu à Mayotte, ce que dément Paris. Le 8 février 1976, 99,4 % des Mahorais se prononcent pour le maintien de l'île au sein de l'ensemble français. Mayotte est alors doté d'un statut provisoire, tandis que le franc devient la monnaie légale. Une nouvelle consultation électorale est organisée pour le 11 avril. À la question « souhaitez-vous que Mayotte conserve ou abandonne le statut de territoire d'outre-mer ? », 97,46 % des votes exprimés se prononcent en faveur de l'abandon de ce statut. Jean-Marie Coussiron est nommé préfet le 28 avril, en attendant que Mayotte devienne vraisemblablement département d'outre-mer.

Abdallah Mohammed est nommé Premier ministre des Comores, le 6 janvier. Il forme un nouveau gouvernement le 10. Le 3 avril, un complot contre le président Ali Soilih est déjoué. Plusieurs partisans de l'ancien président Abdallah, dont Mohammed Taki, sont compromis.

L'Organisation de l'unité africaine, des pays progressistes comme l'Algérie et la Guinée dénoncent les menaces contre l'intégrité territoriale des Comores. L'Union soviétique se joint, en décembre 1975, au concert de réprobations, et renouvelle ses attaques, à plusieurs reprises, en janvier 1976 notamment. Le gouvernement de Moroni demande, en février, au Conseil de sécurité de l'ONU de l'aider à préserver l'unité de l'archipel. De nombreux délégués africains manifestent, à New York, leur désapprobation à l'égard de la décision française d'organiser un nouveau référendum à Mayotte. Paris doit opposer son veto à une résolution condamnant sa politique comorienne, votée par 11 voix et 3 abstentions, le 8 février.