Probablement fondée par les Soninkés au XIVe s., elle fut du XVIe au XVIIIe s. un important carrefour commercial en relation avec Tombouctou et un grand centre musulman. Le colonel Archinard en prit possession au nom de la France en 1893.
La civilisation de Djenné, et plus largement celle du delta intérieur du Niger prennent place aux côtés des civilisations de Nok et d'Ifé au Nigeria et des Saos au Tchad. Jarres et statuettes en terre cuite, dont les plus anciennes remontent au XIVe s., pourraient être liées à un rituel funéraire.