Empêcher que (+ subjonctif) : le mauvais temps a empêché qu'il ne parte ou qu'il parte (à la forme affirmative, le ne explétif est fréquent) ; ces nouvelles commandes empêcheront-elles que l'entreprise licencie ou ne licencie ? (à la forme interrogative, le ne explétif est généralement omis) ; les contrôles n'empêcheront jamais que des irrégularités soient commises (à la forme négative, le ne explétif n'est presque jamais employé).
Il n'empêche que, n'empêche que (+ indicatif ou conditionnel) : tu te couches tard, soit, il n'empêche que tu dois être à l'heure le matin ; tu te couches tard, n'empêche que tu devrais être à l'heure.
recommandation :
Dans l'expression soignée, en particulier à l'écrit, préférer il n'empêche que à n'empêche que, qui est familier.
Cela n'empêche pas que (+ subjonctif, indicatif ou conditionnel) : il ne détient qu'une petite partie du capital, cela n'empêche pas qu'il soit (ou qu'il est) le véritable patron de l'affaire (l'indicatif insiste sur la réalité du fait énoncé) ; il est attaché à la région, cela n'empêche pas qu'il partirait si son travail l'exigeait (le conditionnel marque l'éven-tualité du fait).