A. de Jussieu, « Coup d’œil sur l’histoire et les principes des classifications botaniques » in Dictionnaire universel d’histoire naturelle sous la dir. de C. d’Orbigny, vol. XII (Martinet, 1849). / P.-P. Grassé (sous la dir. de), Traité de zoologie (Masson, 1948-1974 ; 30 vol. parus). / J. Piveteau (sous la dir. de), Traité de paléontologie (Masson, 1952-1969 ; 10 vol.). / R. Taton (sous la dir. de), Histoire générale des sciences (P. U. F., 1957-1964, 4 vol. ; 2^e éd., 1966-1969, 2 vol. parus). / M. Chadefaud et L. Emberger, Traité de botanique (Masson, 1960 ; 2 vol.).

Le phylum

On appelle phylum (ou lignée phylétique) un ensemble d’êtres vivants qui présentent entre eux des liens de parenté tels que l’on peut admettre qu’ils sont dérivés les uns des autres. L’appréciation des données de la phylogénie est étroitement liée à la notion d’évolution.

Alors que la systématique dite « classique » tend essentiellement à reconnaître et à définir des catégories homologues ou comparables d’êtres vivants (les espèces, les genres, les familles, etc.), la phylogénie tente de replacer ces catégories (ou taxons) dans un ou plusieurs systèmes coordonnés qui doivent admettre la plus grande ancienneté de certains êtres, de certaines structures organiques par rapport à d’autres, tenus pour plus évolués. Il arrive cependant que l’évolution ne transforme qu’un seul organe, alors que la phylogénie doit considérer les liens existant entre des individus ou des groupes d’individus définis par l’ensemble de leurs caractères. En outre, la situation phylogénique d’un groupe peut être difficile à déceler, par exemple en raison de phénomènes de néoténie ou de régression d’organes, de « surévolution » ou de phases « pseudo-cyclique », sans préjuger de la signification des faits d’évolution parallèle ou d’adaptation. La situation des groupes taxinomiques par rapport à leur localisation géographique comme par rapport à leurs caractères écologiques est d’ailleurs parfois prise en compte pour comprendre leurs rapports et leur situation évolutive (lignées géophylétiques ou écophylétiques).

Actuellement, sur le plan pratique, les essais de classifications phylétiques générales des êtres organisés demeurent peu nombreux et révèlent des divergences, qu’il s’agisse des groupes zoologiques ou des groupes botaniques. Les critères dont on peut disposer pour évaluer les degrés de parenté et les modalités de filiation entre les groupes majeurs d’êtres vivants sont multiples, mais cependant assez fréquemment partiels. Cette situation reflète, bien entendu, l’extraordinaire diversité au sein de la biosphère et aussi, dans une certaine mesure, ce que l’on peut appeler la « complexification » des structures, particulièrement illustrée au niveau de la modification progressive des circonvolutions du cerveau des Primates.

Cependant, les principes de base demeurent très discutés dans certains cas ; selon le critère auquel on donnera la prééminence, on parviendra à des situations phylogéniques parfois opposées des éléments d’un groupe, même si celui-ci est bien défini systématiquement. L’un des cas les plus frappants est celui des Phanérogames Angiospermes, groupe de végétaux vasculaires pour lequel on parvient à des « arbres phylogéniques » tout à fait différents selon que l’on accepte comme critères majeurs pour la distinction des phylums d’une part la notion de « plante herbacée » opposée à « plante ligneuse », d’autre part des « indicateurs de phylogénie », tels que la position de l’ovaire ou la complexité des inflorescences, ou les types embryonomiques ou encore la structure des pollens. Au niveau des groupes majeurs, l’intervention de certains critères constitue un guide précieux pour construire des arbres phylétiques : explosion de formes au cours de la cladogenèse, apparition de phases ontogéniques successives (par exemple chez les animaux : monocellulaires, puis diplo- et triploblastiques, puis cœlomates) ou encore degré de nouveauté de caractères fondamentaux (par exemple chez les végétaux : premiers groupes présentant des vaisseaux, des ovules ou des graines). La connaissance des liens et des filiations entre les groupes peut, en partie, reposer raisonnablement sur la morphologie et la génétique ou sur l’expérimentation (au niveau des espèces), mais trouve une base plus solide si elle peut s’appuyer sur des données paléontologiques sans failles ; une part non négligeable d’hypothèse peut être levée lorsque des fossiles exploitables aident à définir chronologiquement des lignées. Toutefois, on ne doit pas oublier que la concordance des divers critères demeure un argument essentiel en matière d’interprétation phylogénique.

 L. Emberger, les Plantes fossiles dans leurs rapports avec les végétaux vivants (Masson, 1944 ; 2^e éd., 1968). / A. Takhtajan, Flowering Plants. Origin and Dispersal (en russe, Moscou, 1961 ; trad. angl., Édimbourg, 1969). / P.-P. Grassé et A. Tétry (sous la dir. de). Zoologie (Gallimard, coll. « Encycl. de la Pléiade », 1963-64 ; 2 vol.). / J. Hutchinson, Evolution and Phylogeny of Flowering Plants (Londres, 1969). / J.-P. Lehman, Preuves paléontologiques de l’évolution (P. U. F., 1973).