Ceux-ci ont été favorablement impressionnés par la franchise du dialogue sur les questions religieuses. Est-ce ce climat de confiance qui a amené les quatre rédacteurs catholiques du communiqué final à accepter le texte propose par les musulmans ? Un passage de ce texte affirme « le caractère arabe » de Jérusalem, rejette « les projets de judaïsation, partition ou internationalisation » de la Ville sainte, et qualifie le sionisme de racisme.

Bien que le Saint-Siège ait toujours été très critique à l'égard de la politique sioniste envers les Palestiniens, il est exclu qu'il accepte d'assumer de telles prises de position. De fait, dès son retour à Rome, le 7 février, le cardinal Pignedoli désavoue ses collaborateurs qui ont paraphé le communiqué commun. Cela n'empêche pas les milieux du Vatican de regretter en privé le « manque de prudence » du cardinal. Le 11 février, un bref communiqué annonce que le Saint-Siège rejette les deux paragraphes litigieux de la déclaration finale de Tripoli. Une fois de plus, cet incident a prouvé qu'il est vain de prétendre séparer le spirituel et le temporel, religion et politique, lorsqu'on approche l'Islam.