L'ordre du jour de l'Assemblée, outre l'encyclique Humanae vitae, comporte aussi la réforme liturgique, notamment la révision de la liturgie du mariage. Un nouveau rituel français du mariage entre en application en mai 1969 ; le sacrement ne sera plus une simple démarche juridique, mais celle de « deux êtres qui expriment devant Dieu leur amour ».

Autre innovation liturgique : laïcs et religieuses sont autorisés à distribuer la communion aux autres fidèles, en cas de besoin. Par ailleurs, une note de la Commission épiscopale de liturgie, en date du 15 janvier 1969, autorise la célébration dès le samedi soir de la messe dominicale.

Ces innovations provoquent, de la part des divers mouvements intégristes, et notamment du Mouvement contre l'autodestruction de l'Église, des réactions parfois violentes. Celles-ci visent non seulement des expériences avancées et isolées comme les Gospel nights célébrés, fin février 1969, en l'église Saint-Germain-des-Prés, mais aussi des travaux longuement élaborés, comme les nouveaux catéchismes nationaux, publiés en octobre 1968.

La contestation dans l'Église de France se développe surtout autour de la personne et du rôle du prêtre. Dans une société de plus en plus déchristianisée, les évêques sont débordés, voire contestés, par des prêtres et des laïcs qui pensent que seule une mutation fondamentale du statut du prêtre peut déboucher sur une action efficace.

La Mission de France

À Lourdes, l'épiscopat décide de ne plus limiter le nombre des prêtres au travail. La Mission de Paris se fond dans une institution à vocation nationale qui n'existe qu'à l'état de projet.

La situation de la Mission de France, d'autre part, se trouve modifiée du fait que l'ensemble de l'Église de France décide de s'engager dans une voie résolument missionnaire. Mais le 14 mars 1969, le Conseil de la Mission de France démissionne en bloc. Sa déclaration publique constate l'échec : depuis novembre, les comités épiscopaux ne sont pas arrivés à une claire interprétation des décisions prises à Lourdes, et, entre le religieux et le prêtre diocésain, on n'est jamais parvenu à modeler un troisième modèle de prêtre. Fin juin, le P. Guillot est nommé secrétaire général.

La contestation s'installe, aussi, dans le clergé diocésain. En septembre 1968, le forum tenu par 200 prêtres lyonnais met en cause le défaut d'adaptation de la hiérarchie, mais poursuit encore le dialogue avec cette hiérarchie. En revanche, le groupe Échanges et dialogue (621 prêtres adhérents en janvier 1969) récuse publiquement comme « caduque et nuisible au témoignage évangélique l'autorité de type clérical ». Le droit au travail, au mariage et à la liberté d'expression semble être, pour ces prêtres, la condition essentielle à une restauration vraie de « l'autorité apostolique ».

Face à cette attitude, l'épiscopat français, appuyé par une partie notable du clergé, répète : « Le statut du prêtre doit toujours se référer à la mission de l'Église. » Ce qui n'empêche pas les évêques de s'intéresser aux mutations indispensables du corps sacerdotal. Les 40 000 prêtres de France sont consultés sur l'exercice idéal et réel du « sacerdoce ministériel ». Mgr Marty, par lettre, questionne « tous les prêtres de Paris ».

Certains diocèses vont plus loin : à Lille, le Conseil presbytéral élabore un projet de réforme du statut du prêtre ; ce problème est aussi au centre des discussions et des motions du synode de Saint-Brieuc (28 février-4 mars) et du synode de Rouen (6-20 avril).

Évêques et prêtres

Fait sans précédent, l'Assemblée plénière de l'épiscopat est précédée, les 27 et 28 mai, à Issy-les-Moulineaux, d'une réunion commune évêques-prêtres, où sont présents 121 évêques, 101 prêtres délégués des diocèses et 6 supérieurs religieux. Le thème : le ministère du prêtre. La séance d'ouverture est troublée par une cinquantaine de contestataires, dont 5 prêtres, du Comité d'action pour la révolution dans l'Église et du Lien.

Le débat, préparé à partir des éléments fournis par 22 000 prêtres, 36 000 religieuses et quelque 40 000 laïcs, porte sur quatre problèmes : la mission de l'Église et du prêtre, la pastorale diocésaine, la transformation des structures territoriales, le statut du prêtre. L'assemblée vote une série de propositions : modifications des conseils pastoraux diocésains, révision de la situation sociale du prêtre, recherches théologiques sur le sacerdoce dans la vie moderne.