Élu en 1994 maire d'Istanbul sur la liste du parti islamiste de la Prospérité (Refah), il est condamné en 1998 à une peine de prison de dix mois (il en purgera quatre en 1999) assortie d'une interdiction politique de cinq ans pour propagande islamiste. Rompant les liens avec le mouvement islamiste traditionnel, il prend la tête d'un groupe de réformistes, et participe à la fondation en 2001 du parti de la Justice et du Développement (AKP), dont il est élu président. Il devient Premier ministre de la Turquie en 2003, après la victoire de son parti aux élections législatives de novembre 2002.
Depuis, si les tensions sont parfois vives avec l'armée, la justice et les forces laïques ou si les négociations avec l'Union européenne ont donné lieu à de sérieuses rebuffades et se poursuivent au ralenti, le Premier ministre a mené son parti à une seconde victoire sans appel en 2007. Sa politique subtile d'équilibre vise à concilier plusieurs exigences qui pourraient sembler contradictoires : ainsi, sur le plan intérieur, lutter militairement contre le séparatisme kurde tout en accordant des concessions d'ordre culturel ou encore, en politique étrangère, dans le cadre du « dialogue des civilisations » – un thème lancé avec l'Espagne en 2004 – défendre l'identité musulmane de son pays en même temps que l'adhésion à l'UE, ou resserrer les relations avec les pays arabes et l'Iran sans rompre avec Israël. La réforme constitutionnelle adoptée en 2010 est une étape essentielle vers une normalisation de la démocratie turque. En juin 2011, il entame un troisième mandat après la victoire de son parti aux élections législatives avec près de 50 % des suffrages.