Ce roman « philosophique » forme le pendant de la Tentation de saint Antoine et son sous-titre devait être « du défaut de méthode dans les sciences ».
Deux gratte-papier font connaissance sur un banc et décident de vivre ensemble : ils s'essaient à l'agriculture, à la chimie, à l'archéologie, à la littérature, à la philosophie, à la religion, à la politique, etc. Ils échouent pareillement et se remettent à « copier ». Mais Flaubert a doté ses deux antihéros de sa propre faculté obsessionnelle « de voir la bêtise et de ne plus la tolérer ». La satire porte donc moins sur la science et son avenir que sur l'idée qu'on s'en fait ou, plutôt, qu'on en reçoit. Les deux amis vont donc copier le sottisier patiemment réuni par Flaubert tout au long de sa vie, ce « dictionnaire des idées reçues » qui joue le rôle du crâne sur lequel l'ermite de la Tentation fait porter sa méditation.