Sur le rocher s'allongent la citadelle et la haute ville, parcourue de ruelles étroites et de passages voûtés (deux églises médiévales). Port de pêche et de voyageurs (vers la Sardaigne).
Fondée en 828 par les Pisans, Bonifacio fut prise en 1195 par les Génois, qui en firent une des principales places fortes de la Méditerranée occidentale durant le Moyen Âge.