En 1499, Francisco de Bobadilla fut nommé gouverneur des Indes par les Rois catholiques ; il avait pour mission d'enquêter sur le gouvernement de Christophe Colomb, qui avait suscité la réprobation générale, tant des Espagnols que des indigènes. Bobadilla arriva à Saint-Domingue en août 1500 alors que Colomb se trouvait à Concepción de la Vega et qu'il avait confié, en son absence, le pouvoir à son fils Diego. Bobadilla fit emprisonner celui-ci, puis se fit introniser comme gouverneur ; il promit de payer les soldes en retard et devint ainsi rapidement populaire. Il s'appropria les biens de Colomb et admit toutes les requêtes et accusations contre l'amiral. Revenu à Saint-Domingue, Colomb fut mis aux arrêts sans pouvoir s'expliquer, et renvoyé en Espagne. À son tour critiqué pour sa façon d'agir, Bobadilla fut révoqué et remplacé par Nicolas de Ovando. Il s'embarqua pour l'Espagne le 29 juin 1502 et périt aussitôt dans le naufrage qui engloutit son bateau.