Le 15 septembre 1840 – ainsi commence le roman –, Frédéric Moreau, jeune provincial, bachelier de la veille, rencontre sur le bateau qui fait le trafic entre Paris et Nogent-sur-Seine Marie Arnoux, femme d'un petit éditeur de musique parisien. « Ce fut comme une apparition »… Il l'aime et est aimé d'elle. Flaubert avait pris pour modèle de cet amour platonique Elisa Schlésinger, femme d'un éditeur de musique connu, rencontrée sur la plage de Trouville en 1836 et qu'il continua à voir jusqu'en 1872. « Vers la fin de mars 1867 », une Marie aux cheveux blanchis vient faire ses adieux à Frédéric. Durant ces vingt-sept ans, marqués comme en creux dans une vie d'homme, Frédéric connaît bien quelques compensations charnelles avec Rosanette, dite « la Maréchale » (type dessiné d'après Mme Sabatier, dite « la Présidente »), maîtresse en titre d'Arnoux – curieux trait d'union avec Marie –, ou avec l'épouse du banquier Dambreuse. Il a les joies des vieilles amitiés de jeunesse avec Deslauriers ou des relations de camaraderie mondaines, il se laisse aller, sans excès, aux exaltations politiques et suit de plus ou moins loin les événements de 1848, il bâtit sur du sable mille projets qu'il abandonne : rien ne peut le détourner de cette passion sans espoir, qui, seule, meuble une existence sans but, sans avenir, sans passé.
L'Éducation pourrait bien n'être, plus que l'autobiographie déguisée qu'on s'est souvent contenté d'y voir, que le long et bel itinéraire du voyage initiatique au bout de sa nuit d'un écrivain délivré de ses phantasmes par un chef-d'œuvre. Les manuscrits de l'auteur apportent le témoignage impressionnant d'un labeur sans cesse recommencé, d'une série de parcours d'écriture jamais satisfaisants, puisqu'il s'agit d'un présent d'amour. Le livre a été souvent refait, mais, quelque contrôlées que puissent être les ardeurs du Frédéric de l'Éducation, on retrouve la fougue des Mémoires d'un fou (1838), de Novembre (1842) et de la première Éducation sentimentale (1843-1845).