Cet article fait partie du DOSSIER consacré à l'évolution.

 Succession des espèces animales ou végétales que l'on suppose descendre les unes des autres et qui constituent un phylum.

Phylogénie et relations ancestrales

Le terme de phylogénie, créé en 1866 par Ernst Haeckel pour désigner la filiation des espèces vivantes, fut supplanté par celui de phylogenèse, créé par le même Haeckel en 1874. Selon Haeckel, l'ontogenèse (le développement d'un organisme à partir d'un œuf) résume la phylogenèse. En d'autres termes, au cours de son développement, un animal passe par des phases morphologiques qui présentent des similitude importantes avec les caractères de ses ancêtres successifs, même les plus lointains.

Initialement, la phylogenèse exprimait sous une forme graphique les relations de parenté (la « généalogie » au sens de Charles Darwin) entre les espèces d'un groupe donné. Elle reposait généralement sur l'analyse des caractères des espèces actuelles. Par la suite, la découverte d'un nombre croissant d'espèces fossiles a permis de compléter les phylogénies par des données paléontologiques. L'expression graphique (sous forme d'un arbre phylogénétique) d'une phylogénie accordait, jusque dans les années 1970, une large part à l'intuition et aux opinions des auteurs. Jetant les bases de la systématique phylogénétique en créant le cladisme, l'entomologiste allemand Willi Hennig (1913-1976) a, dès 1950, fait entrer la construction des phylogénies dans le domaine de la science.

L'arbre phylogénétique

L'arbre phylogénétique est une représentation graphique des liens de parenté entre des espèces fossiles et actuelles, compte tenu de leurs places respectives dans la chronologie. Contrairement à un cladogramme, un arbre phylogénétique peut faire état de relations entre ancêtres et descendants d'une espèce. Dans ce cadre, les relations phylogénétiques désignent les relations de parenté entre les espèces, mises en évidence par le partage de caractères hérités d'un ancêtre commun. Par exemple, la structure de la main de l'homme témoigne de relations phylogénétiques étroites avec le chimpanzé.