Le terme de « Pays-Bas », et ce durant trois siècles, a coïncidé à peu près avec les 17 provinces qui composaient, depuis 1548, le cercle impérial de Bourgogne. En 1815 fut créé un royaume des Pays-Bas, qui englobait l'actuelle Belgique et dont celle-ci devait se séparer en 1830.
La présence ancienne de l'homme dans cette région est attestée par des monuments mégalithiques (dolmens) et des tumulus de l'âge du bronze au Nord et à l'Est, et, dans le Sud, par des champs d'urnes funéraires de l'âge du fer. Au Ier s. avant J.-C., le pays est peuplé par des tribus celtes (Ménapiens, Nerviens) et germaniques (Éburons, Bataves, Frisons). En 57 avant J.-C., César pénètre en Belgique, et les Romains occupent le pays jusqu'au Vieux Rhin, et le constituent en province, la Gaule Belgique (15 avant J.-C.). La domination romaine se maintient jusqu'au IVe s., époque où les invasions germaniques submergent la contrée, dispersant les premières communautés chrétiennes (évêché de Tongres). Les Saxons s'établissent à l'est des futurs Pays-Bas, et les Francs en occupent les territoires méridionaux. La christianisation se heurte à l'hostilité des Saxons et surtout des Frisons. Elle ne s'achève qu'à la fin du VIIIe s., avec la soumission de ces peuples par Charlemagne. L'administration carolingienne permet le développement de l'activité économique. Des villes comme Dorestad servent d'étape pour le commerce entre l'Angleterre, la Baltique et les pays rhénans, tandis que naît une industrie textile.
Les invasions normandes (de 810 à 891) et les divisions territoriales (traité de Verdun, 843 ; traité de Meerssen, 870) affaiblissent le pays. Il se décompose alors en de multiples principautés féodales (duchés de Gueldre et de Brabant, comtés de Hollande, de Flandre et de Hainaut, évêchés d'Utrecht et de Liège).
Tandis que de nouvelles terres sont mises en valeur, parfois gagnées sur la mer (XIIe-XIIIe s.), les villes connaissent un essor remarquable. Situées à la convergence des routes terrestres, fluviales et maritimes, elles s'enrichissent dans le commerce de la draperie (Gand, Ypres, Bruges), les industries alimentaires (Delft, Gouda, Hoorn) et métallurgiques (Dinant, Liège, Huy). Dans le même temps, les villes arrachent aux seigneurs des chartes, qui leur permettent de s'administrer elles-mêmes. Mais des divisions sociales apparaissent bientôt, opposant le patriciat urbain et le peuple (travailleurs du textile en Flandre notamment). Ces troubles provoquent l'alliance du patriciat avec le roi de France. La victoire de Charles VI sur les milices communales à Rozebeke (1382) consacre le recul du mouvement d'émancipation urbaine. Au XIVe s., les Wittelsbach d'Allemagne héritent des comtés de Hollande et de Hainaut, tandis que le Brabant et le Limbourg passent par mariage à la maison de Bohême. En 1369, le comte de Flandre Louis de Mâle donne sa fille Marguerite au duc de Bourgogne, Philippe le Hardi.
Ce mariage fait de la Flandre la première principauté des Pays-Bas à être incorporée aux États bourguignons. Par achats, mariages, héritages, les successeurs de Philippe le Hardi entreprennent la patiente conquête des Pays-Bas (Bourgogne). Ils parviennent à contrôler les évêchés de Cambrai, d'Utrecht et de Liège, et ainsi unifient le pays. Sous Philippe le Bon (1419-1467), l'administration est centralisée par la création d'un Grand Conseil, de deux chambres des comptes, et d'une Cour de justice en Hollande. Charles le Téméraire renforce cette centralisation et crée à Malines une Chambre des comptes unique (1473). Fille et héritière de Charles le Téméraire, Marie de Bourgogne épouse en 1477 Maximilien d'Autriche. Les Pays-Bas font désormais partie des possessions des Habsbourg, et le mariage (1496) de Philippe le Beau, fils de Maximilien, avec Jeanne, fille de Ferdinand d'Aragon, lie les destinées du pays à celles de l'Espagne. Le fils de Philippe le Beau, Charles Quint, porte à 17 le nombre des provinces, en conquérant ou en reconquérant la Frise (1524), la Groningue (1536) et la Gueldre (1543). L'ensemble est érigé en cercle d'Empire (cercle de Bourgogne) par la transaction d'Augsbourg (1548). Dans le même temps, le pays connaît une forte expansion économique. Parallèlement aux courants commerciaux et intellectuels, les idées de la Réforme se diffusent largement, favorisées par la tolérance de la gouvernante des Pays-Bas, Marguerite d'Autriche (1519-1530). Le problème de la liberté religieuse va se trouver, de pair avec le réflexe national, au cœur de la révolte contre l'absolutisme de Philippe II.
En 1555, Philippe II succède à son père en tant que prince des Pays-Bas. Défenseur zélé de la foi, prince espagnol ne parlant ni le flamand ni le français, il engage aux Pays-Bas une politique qui dresse contre lui le peuple et la noblesse. Il maintient en temps de paix des garnisons espagnoles, impose comme gouvernante sa demi-sœur Marguerite de Parme (1559-1567), lui adjoignant comme conseiller l'archevêque de Malines, Granvelle. Il heurte enfin ses sujets en tentant de pratiquer une politique de réforme catholique. Trois grands seigneurs prennent la tête de l'opposition : Guillaume d'Orange et les comtes d'Egmont et de Hornes. Ils obtiennent le renvoi de Granvelle (1564), mais non la convocation des états généraux. La persécution continuant, la petite noblesse s'unit (compromis de Breda) et demande à Marguerite de Parme la suppression de l'Inquisition (1566). On traite ces gentilshommes de « gueux ». Un violent mouvement anticatholique soulève alors la Flandre, le Hainaut, puis les provinces du Nord (août-septembre 1566). Une répression impitoyable est menée par le duc d'Albe (gouverneur de 1567 à 1573), qui débouche sur la révolte générale de la Hollande et de la Zélande. Cette révolte, conduite par Guillaume d'Orange (1568), est bientôt suivie par celle du Brabant, du Hainaut et de l'Artois. La pacification de Gand (novembre 1576) marque l'expulsion des troupes espagnoles et le retour à la tolérance religieuse. Elle est imposée au gouverneur don Juan d'Autriche (1576-1578) par l'Édit perpétuel (1577). Cependant, les révoltés se divisent. Les provinces du Sud (Artois, Hainaut), en majorité catholiques, se soumettent à l'Espagne (Union d'Arras, 6 janvier 1579), tandis que les provinces du Nord (Gueldre, Hollande, Zélande, Utrecht, Frise, Overijssel et Groningue), calvinistes, proclament l'Union d'Utrecht (23 janvier 1579) qui pose les bases des Provinces-Unies. En 1581, les États du Nord répudient solennellement l'autorité de Philippe II. Le nouveau gouverneur des Pays-Bas, Alexandre Farnèse (1578-1592), assure la reconquête définitive des Pays-Bas méridionaux par l'Espagne et par l'Église. Il faudra plus de soixante années de guerre, marquées dans une première phase par l'alliance avec l'Angleterre et l'affirmation de la puissance maritime des provinces du Nord, puis, après la fin de la trêve de Douze Ans (1609-1621), par le soutien français (1635) dans le cadre de la guerre de Trente Ans (1618-1648), pour que l'Espagne reconnaisse, par le traité de Münster (1648), l'indépendance des Provinces-Unies. (Provinces-Unies.)
Après avoir été confiés à l'infante Isabelle (1598-1621) et à son mari l'archiduc Albert par Philippe II, les Pays-Bas méridionaux reviennent à l'Espagne après la mort de l'infante (1633). Entraînés dans toutes les guerres auxquelles participe l'Espagne, ils perdent l'Artois (1659), la Flandre wallonne (1668), la Flandre maritime et Valenciennes (1678). À la mort de Charles II d'Espagne (1700), les Pays-Bas reviennent en héritage au duc d'Anjou, petit-fils de Louis XIV. À l'issue de la guerre de la Succession d'Espagne (1701-1714), ils sont remis à l'Autriche.
Au XVIIIe s., les souverains autrichiens tentent de promouvoir la prospérité des Pays-Bas du Sud. En 1722, l'empereur Charles VI crée la Compagnie d'Ostende, pour le commerce avec les Indes orientales. Les routes et les canaux sont améliorés. Pendant la guerre de la Succession d'Autriche (1740-1748), la Belgique est partiellement occupée par les Français (1745-1748).
Les réformes maladroites de Joseph II et ses mesures pour réduire l'autonomie provinciale (1787) provoquent des émeutes (1787-1789). Une insurrection armée chasse les Autrichiens du pays (1789).
La philosophie du XVIIIe s. ainsi que les circonstances locales sont à l'origine des mouvements révolutionnaires des Pays-Bas. Dans les Provinces-Unies, l'essor des idées démocratiques (mouvement des patriotes), l'issue désastreuse de la quatrième guerre anglaise (1780-1784) aboutissent aux troubles révolutionnaires de 1786. Obligé de s'enfuir, Guillaume V est restauré grâce à l'aide étrangère. Beaucoup de patriotes se réfugient en France. Dans les Pays-Bas autrichiens, les troupes de l'empereur Léopold II reconquièrent facilement le pays. L'intervention de l'Autriche en faveur de Louis XVI entraîne les Pays-Bas dans la guerre contre la Convention. En 1792, les armées de Dumouriez pénètrent en Belgique et battent les Autrichiens à Jemmapes. La victoire de Fleurus (1794) ouvre le chemin de tous les Pays-Bas. En 1795, les Provinces-Unies deviennent la République batave, tandis que les Pays-Bas méridionaux sont organisés en départements français (1797). Napoléon Ier dicte une Constitution en 1805, puis transforme la République batave en royaume de Hollande au profit de son frère Louis (1806). En 1810, Louis, qui fait passer les intérêts de ses sujets avant ceux de son frère, perd son royaume ; celui-ci est placé sous l'administration directe des Français. La défaite de Napoléon à Leipzig (1813) provoque une révolte, dirigée par Dirk Van Hogendorp, qui reconnaît la souveraineté de Guillaume d'Orange, fils de Guillaume V. En 1815, le congrès de Vienne décide de réunir la Belgique et la Hollande dans un royaume unique des Pays-Bas.
Le royaume est constitué en 1815 des anciennes Provinces-Unies, des anciens Pays-Bas autrichiens, et du Luxembourg, érigé en grand-duché pour le roi Guillaume Ier. D'autre part, les anciennes colonies des Provinces-Unies sont restituées aux Pays-Bas, sauf Le Cap et Ceylan. Guillaume Ier s'efforce de maintenir un équilibre à la fois politique, culturel et économique entre Belges et Hollandais. Mais l'union ne sera pas durable. L'opposition linguistique et religieuse entre le Nord (protestant) et le Sud (catholique) s'accompagne d'une rivalité économique entre les agriculteurs belges, protectionnistes, et les commerçants néerlandais, libre-échangistes. Le 25 août 1830, une émeute éclate à Bruxelles. Les troupes hollandaises doivent évacuer la Belgique, dont l'indépendance est proclamée le 4 octobre 1830. Celle-ci est reconnue en janvier 1831 par la conférence de Londres, mais en 1839 seulement par le roi Guillaume Ier.
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