Je n'ai pas vérifié mais il me semble que c'est une question de contenu...
L'arbre à fleurs est un arbre dont on peut cueillir les fleurs le plus connu est : "Le rosier"
Le pommier à fleur est un arbre décoratif dont on ne peut utiliser les fleurs pour faire des bouquets et qui ne donne pas de fruits, le cassissier à fleur en est un autre exemple.