Une grande part de son pontificat fut dominée par le différend qui l'opposa au roi de France Philippe IV le Bel sur la suprématie du Saint-Siège, au spirituel comme au temporel. Outragé en septembre 1303 dans son palais d'Anagni par les envoyés de Philippe le Bel, il mourut la même année après avoir excommunié le roi de France. Il canonisa Louis IX et fut l'initiateur des années jubilaires, dont la première fut celle de 1300.