En 1548, il abjura le catholicisme et devint, en 1558, professeur de théologie et pasteur à Genève. À la mort de Calvin (1564), il le remplaça comme recteur de l'académie de Genève et fit figure de chef de parti.
   Th. de Bèze fut aussi l'un des promoteurs de la Renaissance littéraire et de la tragédie humaniste (Abraham sacrifiant, 1550).