Ensemble des cellules de l'embryon animal ou végétal dont la différenciation tout au long de la « lignée germinale » donnera exclusivement les cellules reproductrices, ou gamètes.

Dans la terminologie de Weismann, le germen s'oppose au soma, constitué par tous les autres tissus de l'organisme. L'évolution du soma et les accidents tout au long de la vie n'influencent en aucune façon les cellules germinales, de sorte que les caractères acquis ne sauraient être transmis.