L'embryogenèse est la réalisation du programme génétique inscrit dans les chromosomes de l'œuf fécondé (zygote). Dans le règne animal, le premier stade du développement est la segmentation en 2, puis 4, puis 8, puis 2n blastomères (cellules embryonnaires) constituant ensemble une petite sphère appelée morula. Puis celle-ci se creuse d'une cavité de segmentation ou blastocœle et prend le nom de blastula. Ensuite, une moitié de la blastula s'invagine à l'intérieur de l'autre pour former une gastrula, constituée de deux feuillets superposés : ectoderme et endoderme, entourant une cavité (archentéron) s'ouvrant par un orifice unique, le blastopore. La suite dépend du groupe animal : un troisième feuillet apparaît, sauf chez les éponges et les cnidaires. C'est le mésoderme. Puis une différenciation complexe oriente chaque embryon par ses formes spécifiques. Signalons seulement le destin opposé du blastopore, qui devient l'anus chez les vertébrés, procordés et échinodermes (deutérostomiens), la bouche chez les invertébrés en général (protostomiens). Le zygote, outre l'embryon, élabore souvent des annexes nutritives, protectrices, excrétoires ou autres, telles que l'amnios, l'allantoïde et le chorion chez les vertébrés supérieurs ; la première forme libre est souvent une larve (chenille, têtard, pluteus, etc.) totalement différente de l'adulte.
Dans le règne végétal, les plantes supérieures terrestres se distinguent par un stade de repos pendant lequel l'embryon ou plantule, parfois associé à une annexe nutritive, l'albumen, est enclos dans une graine.