Après la paix de Campoformio (1797), l'Angleterre restait seule en lutte contre la France. Bonaparte décida de porter la guerre en Égypte, base d'opérations contre la domination britannique en Inde. Il prit Malte (10 juin 1798), s'empara d'Alexandrie (juillet) et battit les mamelouks à la bataille des Pyramides (21 juillet). Bien que prisonnier dans sa conquête, et la flotte française ayant été anéantie en rade d'Aboukir (1er août), Bonaparte envoya Desaix pacifier la Haute-Égypte et fonda l'Institut d'Égypte. L'armée turque menaçant l'Égypte depuis la Syrie, Bonaparte se porta à ses devants, la battit au mont Thabor (16 avril 1799), mais échoua à Saint-Jean-d'Acre (mai) et dut battre en retraite en Égypte. Il rejeta à la mer une seconde armée turque à Aboukir (25 juillet). Rentré en France, il laissa le commandement à Kléber, qui fut assassiné le 14 juin 1800. Son successeur, Menou, fut battu à Canope par les Anglais, avec lesquels il signa une convention d'évacuation en août 1801.