Le vote va s'opérer en deux temps : neuf Régions voteront le 6 avril – l'Alsace, l'Aquitaine, la Bretagne, le Centre, la Corse, l'Île-de-France (ouest), le Limousin, la Basse-Normandie et les Pays de la Loire ; les autres régions voteront le dimanche suivant. Le découpage correspond aux régions administratives, sauf pour l'Île-de-France, qui est découpée en trois. La composition du bureau du CFCM a déjà été décidée le 20 décembre à Nainville-les-Roches, mais le scrutin va permettre de connaître les tendances des lieux de cultes au plan national. Les élections ont donc lieu aux dates prévues. Le grand mérite de ce scrutin, commentent les observateurs, est d'avoir abouti. Car la première victoire du CFCM est d'abord symbolique. Ce succès est toutefois confirmé par la très forte participation au vote, supérieure à 88,5 %. Les résultats sont sans surprise : ils consacrent la défaite de la Mosquée de Paris. Le gagnant officiel du scrutin est la Fédération nationale des musulmans de France (FNMF), soutenue par le Maroc et plus traditionaliste que la Mosquée de Paris : elle obtient 16 sièges sur 41 au conseil d'administration du CFCM. Mais, pour beaucoup, c'est l'UOIF, proches des Frères musulmans, et très active en banlieue, qui sort vainqueur. Elle obtient 13 sièges au conseil d'administration (contre 6 seulement pour la Mosquée de Paris) et remporte la présidence de trois des conseils régionaux du culte musulman (CRCM) les plus importants : l'Île-de-France centre (Paris et la petite couronne), la Région PACA et l'Alsace. En tout état de cause, le vote est historique puisque, pour la première fois, les musulmans de France ont élu leurs propres instances de représentation en désignant, pour partie, les membres du tout nouveau CFCM. Visage officiel de la seconde religion de France, cette structure, dont les membres ont été élus pour deux ans, sera l'interlocuteur des pouvoirs publics, à l'échelon national et régional, pour tout ce qui touche de près ou de loin au culte musulman : la formation des imams en France, la construction des mosquées, l'organisation des fêtes religieuses comme celle de l'Aïd-el-Kébir, l'envoi des aumôniers musulmans dans les prisons.

Les autres grandes confessions religieuses expriment leur satisfaction, à l'issue de ces élections qui dotent enfin la France d'un corps représentatif pour l'organisation du culte musulman. Le grand rabbin de France, Joseph Sitruk, se félicite que le gouvernement ait pu mener à bien ce projet. Il ajoute toutefois que cette « représentation logique des fidèles musulmans ne s'étend pas à tous les musulmans, qui sont des citoyens comme les autres, mais seulement à ceux qui s'intéressent aux questions religieuses ». Jean-Marie Lustiger, archevêque de Paris, met en garde, lui aussi, contre la tentation de poser la question de l'immigration maghrébine en la réduisant à celle de l'islam.