Autre particularité de l'Institut Pasteur : l'étroitesse des liens maintenus entre recherche et applications. Nul peut-être mieux que Pasteur n'a su unir ces deux aspects du travail scientifique. Cette union, Pasteur l'a reportée sur la structure de son institut, la recherche apportant des idées à une industrie qui, en retour, fournissait des fonds à la recherche. Si l'Institut Pasteur n'est pas devenu le premier centre de l'industrie biologique en Europe, c'est d'abord que les pastoriens n'ont guère montré de dons ni aussi d'intérêt pour le commerce et l'industrie, mais c'est aussi que l'industrie privée ne les a guère aidés. D'où, après la Seconde Guerre mondiale, les difficultés financières de l'Institut Pasteur, qui avait, jusque-là, vécu de ses ressources propres. Les pouvoirs publics, en la personne d'un ministre de la Santé, madame Simone Veil, eurent la sagesse d'attribuer à l'Institut une subvention annuelle correspondant à la moitié de son budget, tout en maintenant son statut de fondation privée. En même temps, sous l'impulsion de Jacques Monod, alors directeur, la production était séparée de la recherche. Elle est aujourd'hui étroitement associée à deux puissantes industries pharmaceutiques. En gardant ainsi son statut de fondation privée et grâce, en particulier, à de nombreux dons et legs, l'Institut Pasteur a conservé une souplesse, une capacité de réactions aux imprévus de la recherche dont sont trop souvent dépourvus les organismes publics. Ce n'est certainement pas par hasard si, en France, la biologie moléculaire est née à l'Institut Pasteur ou si les premiers travaux sur le Sida ont eu lieu à l'Institut Pasteur.

Les instituts d'outre-mer

Dernière particularité de l'Institut Pasteur : sa capacité d'essaimer à travers le monde. Il existe ainsi une vingtaine d'Instituts Pasteur, ou d'Instituts associés, dont les relations avec la maison mère sont de nature très diverse.

L'origine de cette constellation de la recherche date presque de la fondation de l'Institut Pasteur de Paris. Dès 1890, en effet, Louis Pasteur et Émile Roux proposèrent à l'un de leurs premiers élèves, Albert Calmette, jeune médecin militaire, d'aller à Saigon établir un laboratoire pour préparer les vaccins contre la rage et la variole, très répandues en Indochine. Bientôt, les « mordus » affluèrent du Siam, de Java, de Singapour, du Tonkin et même du Japon. De cette mission de Calmette, qui aboutit à la création de l'Institut Pasteur de Saigon, datent les premiers travaux sur les venins de serpents, qui conduisirent à la sérothérapie antivenimeuse. Albert Calmette fut donc le fondateur du premier Institut Pasteur d'outre-mer. Après celui de Saigon, de nombreux autres Instituts Pasteur furent créés ; leur action s'exerce dans le monde entier.

Tous ces Instituts sont des centres d'expertise, de surveillance épidémiologique, des centres de production de sérums et de vaccins et des centres de formation. Certains entretiennent des collaborations scientifiques suivies avec des groupes de Paris. L'Institut Pasteur de Guyane, par exemple, est impliqué dans un travail mené en liaison avec l'Institut Pasteur de Paris pour la mise au point d'un vaccin contre le paludisme et dans un programme d'études sur la lèpre.

La création d'Instituts hors métropole n'est pas uniquement un phénomène du passé. L'Institut Pasteur de Rome a été fondé en 1976. Actuellement, une négociation est en cours pour l'ouverture d'un Institut Pasteur à Kyoto, au Japon. En outre, l'Institut Pasteur de Paris a établi une série de relations privilégiées avec certains grands instituts de recherche étrangers avec qui sont conduits en commun des programmes de recherche. C'est le cas notamment de l'Institut Weizmann des Sciences en Israël, de l'Institut Sloan Kettering à New York, et de l'Institut Riken au Japon.

L'orientation actuelle

L'essaimage des Instituts Pasteur à travers le monde témoigne du rayonnement de la maison mère. Fondation privée reconnue d'utilité publique, l'Institut Pasteur de Paris se déploie sur un campus d'un hectare et demi situé de part et d'autre de la rue du Docteur-Roux. Plus de 2 000 personnes y travaillent, dont 500 chercheurs permanents parmi lesquels des chercheurs du Centre national de la recherche scientifique, de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale, ainsi que de nombreux chercheurs étrangers. Chaque année, l'Institut Pasteur accueille environ 300 élèves et 600 stagiaires, français ou étrangers. Il possède la bibliothèque spécialisée en microbiologie et disciplines annexes la plus complète de France et abrite un centre de documentation, avec un service de publications scientifiques : Annales de microbiologie, de virologie, d'immunologie, Bulletin de l'Institut Pasteur. Un musée, installé dans les appartements même de Pasteur, abrite de nombreux souvenirs scientifiques et retrace l'histoire de l'œuvre de Pasteur. Récemment, un Musée des applications de la recherche pasteurienne a été inauguré à Marnes-la-Coquette. Il est situé dans une annexe de l'Institut Pasteur, autour de la chambre où s'éteignit Louis Pasteur.