C'est l'approche des examens qui seule met fin au mouvement, la plupart des étudiants, désireux d'obtenir leur diplôme, n'insistent pas sur les examens collectifs préconisés par les comités de grève, et refusés par la majorité des enseignants, soucieux de la régularité des diplômes. Mais la durée de la grève obligea mettre en place une organisation complexe : enseignements de rattrapage intensifs, séances de révision, concentration ou modification de la forme des épreuves pour éviter d'avoir à modifier le système d'examen et rester dans le cadre légal, comme le veut le secrétariat d'État.

Une douzaine d'universités se trouvent contraintes de reporter une partie des examens à l'automne pour assurer un horaire suffisant d'enseignement.

Recteurs

Le conflit (les grèves d'étudiants auront été souvent plus longues que celles de 1968) laisse les universités en proie au doute sur leur avenir (une trentaine ont refusé d'appliquer la réforme) et leurs institutions, et jette la suspicion sur les diplômes.

Contre les présidents élus, Alice Saunier-Seïté s'appuie sur les recteurs qui sont les représentants du pouvoir central ; c'est à eux déjà qu'elle a demandé pendant la crise des informations sur la situation dans les différentes universités ; maintenant elle les charge de veiller à la régularité des examens, au besoin en épluchant les dossiers, et d'accorder a posteriori le label national aux diplômes.

Les recteurs de Bordeaux, de Versailles et d'Amiens contraignent les universités à reporter certains examens à l'automne ; celui d'Amiens, en particulier, qui en avril a aidé des enseignants de droit hostiles à la grève à faire leur enseignement hors du campus, organise en juin les examens correspondants, contre le gré du président de l'université, qui, proche des socialistes, a été l'un des animateurs de la fronde des présidents. Ce sont aussi les recteurs que le secrétariat d'État charge fin juin de surveiller la gestion financière des instituts universitaires de technologie, tenant en lisière l'autonomie des universités.