Dans les campagnes, surtout dans l'est et le nord, un courant de résistance passive se développe, des révoltes éclatent. Dans les régions de Borkou, de l'Ennedi et du Tibesti, une partie des nomades Toubbous entrent en dissidence contre le pouvoir central et, dès août 1969, la France aide l'armée tchadienne à reprendre le poste frontière d'Aozou, enlevé par des Toubbous mutinés contre leurs chefs. La répression sévère exacerbe la volonté de résistance, mais les mécontents sont contraints à se disperser et ne mènent guère que des coups de main.

Dans l'est, la région de Ouaddaï, près de la frontière du Soudan, est la plus troublée. Les départements du Batha et du Guerra sont également le théâtre d'une agitation permanente. À la fin de 1969, des accrochages ont fréquemment lieu entre rebelles et forces de l'ordre à proximité même de Fort-Lamy. Enfin, les zones de Logone et de Mayo-Kebbi n'échappent pas aux désordres.

Certes, il existe un sérieux antagonisme entre le Nord (plus de deux tiers de la superficie du territoire) et le Sud. Région déshéritée et isolée, le Nord est habité par des nomades, certains de race blanche, en majorité islamisés et arabophones, tandis que le Sud, qui constitue le Tchad utile, concentre sur une petite surface la plupart des ressources économiques, dont le coton. Cette zone est essentiellement habitée par des sédentaires de race noire, animistes ou christianisés.

Les gens du Nord accusent ceux du Sud de leur avoir confisqué le pouvoir... Ces rivalités, dont le gouvernement a toujours nié avec force l'existence, continuent de jouer un rôle dans la vie politique, mais ne suffisent pas à rendre compte de la rébellion.

Aux oppositions ethniques ou religieuses, il faut ajouter la contestation politique. Celle-ci est difficilement perceptible dans un pays où le seul parti autorisé est celui du gouvernement : le Parti progressiste tchadien (PPT). Les consultations électorales constituent de simples formalités. Les listes uniques de candidats aux élections législatives de décembre recueillent 99,69 % des suffrages exprimés.

Cependant, les adversaires du régime sont nombreux. Les étudiants, et les jeunes en général, reprochent à F. Tombalbaye sa politique de coopération trop étroite avec l'ancienne puissance coloniale. Les dirigeants des anciens partis dissous n'ont jamais rallié sincèrement le gouvernement.

Le FROLINA, qui cristallise la résistance, est placé sous l'autorité du Dr Aba-Siddick, ancien ministre de F. Tombalbaye, installé en Libye. Le FROLINA se défend de toute volonté séparatiste. Ses animateurs entendent préserver l'unité nationale et éviter la création d'un nouveau Biafra, contrairement à la thèse de ses contradicteurs. Le FROLINA contrôle une grande partie des groupes de guérilleros opérant en territoire tchadien. Son objectif est de renverser le régime de Fort-Lamy et de procéder à des élections libres pour mettre en place un gouvernement plus représentatif.

Sous la pression des événements, F. Tombalbaye s'efforce de rallier l'opinion par des gestes d'apaisement : élargissement de détenus politiques, mise à l'écart de politiciens compromis, nomination d'Abbo Nassour, ancien condamné à mort pour complot, comme président de l'Assemblée nationale.

En rétablissant, en octobre, l'autorité des chefs traditionnels, le président de la République espère gagner à sa cause certains sultans locaux dont les administrés contestent vigoureusement les méthodes de gestion.

Bien que l'issue politique de la crise semble encore lointaine, F. Tombalbaye trouve un premier thème de satisfaction dans le redressement de la situation militaire. La présence au Tchad de plus de 2 500 soldats français et l'action des 1 500 hommes du corps expéditionnaire obligent les rebelles à passer à une action défensive.

Bien armés, dotés de moyens de liaison rapides — notamment d'hélicoptères et d'avions de chasse —, les Français réduisent petit à petit les zones de dissidence. L'intervention a un caractère temporaire et doit prendre fin rapidement, pour le plus grand mécontentement de F. Tombalbaye.